Бактериологическая лаборатория была организована в 1958 году в качестве самостоятельного подразделения в составе больницы. Основное направление работы составляло диагностику кишечных инфекций.
В настоящее время лаборатория осуществляет диагностические исследования с целью выявления возбудителей гнойно-септических заболеваний разных локализаций, кишечных инфекций, воздушно-капельных инфекций, оппортунистических инфекций. Большой раздел работы составляют исследования, направленные на выявление дисбиотических процессов в организме человека.
Кроме диагностической работы коллектив принимает участие в научных исследованиях сотрудников Клиники ЮУГМУ и аспирантов университета.
Бактериологическая лаборатория участвует в профессиональной подготовке кадров, предоставляя возможность прохождения производственной практики студентам биологического факультета медицинского университета и слушателям курсов дополнительного последипломного образования по специальности «Бактериология».
Профессиональными знаниями и опытом готовы поделиться 6 специалистов с высшим образованием и 8 специалистов — со средним. Средний возраст специалистов в коллективе составляет 36 лет, что делает лабораторию перспективной в контексте дальнейшего развития.